Институт расширяет границы международного сотрудничества: установлены научно-методические контакты с университетами Узбекистана, Казахстана, национальными академическими институтами Беларуси, Молдовы, Армении, Азербайджана, Туркмении, а также с учебными заведениями дальнего зарубежья: университетами штатов Айовы и Миссури (США), Ляонинским техническим университетом (КНР).

С 2015 г. институт реализует совместную образовательную программу по направлению магистерской подготовки 05.04.06 Экология и природопользование с Казахским национальным университетом им. аль-Фараби, позволяющую получить двойной диплом. С Самаркандским государственным университетом (Узбекистан) также реализуется аналогичная программа 05.04.06 Экология и природопользование с получением второго диплома.

С 2017 г. в соответствии с Договором о сетевой форме реализации образовательной программы между НИУ «БелГУ» и Российским государственным геологоразведочным университетом имени Серго Орджоникидзе» (МГРИ-РГГРУ), с Договором о сотрудничестве между МГРИ-РГГРУ и Ляонинским техническим университетом (ЛТУ, КНР) студенты института проходят стажировку в Ляонинском техническом университете.

В институте наук о Земле обучаются студенты из 13 стран мира, 14 % студентов - это иностранные граждане. На кафедре природопользования и земельного кадастра успешно развивается сотрудничество с коллегами из США.

Студенты института на Международной конференции «Актуальны вопросы устойчивого развития» в г. Минск, Беларусь

Международная научная конференция «Проблемы природопользования и экологическая ситуация в Европейской России и сопредельных странах», проводимая институтом с 2004 года, привлекает исследователей из США, Белорусии, Узбекистана и других стран, и уже стала широко известным форумом для учёных-геоэкологов. Для молодых учёных регулярно проводится конференция «Геоэкология и рациональное недропользование: от науки к практике».